Fonksiyonel tıp yaklaşımında; Oluşan hastalık durumlarının altında yatan kök neden çok değerlidir mesala, Depresyonun gerçek nedeni, hastadan hastaya çok büyük çeşitlilik gösterebilir. Durum, glütenden kaynaklanan tiroide karşı antikor üretmek içinbağışıklık sisteminin harekete geçirmesi nedeniyle oluşan sızdıran bağırsak hastalığının, düşük tiroid fonksiyonuna ve depresyona yol açması olabilir. Sorun, reflü için asit-bloklayıcı olan ilaçların uzun süreli kullanımina bağlı B12 eksikliği ya da MTFHR (Metilen Tetra Hidrofolat Redüktaz) isimli bir genin neden olduğu folat eksikliği veya yetersiz günışığından kaynaklanan D vitamini eksikliği olabilir. Fazlasıyla tonbalığı içeren bir beslenmeye dayalı civa zehirlenmesi ya da yağlı balık açısından eksik bir beslenmeye bağlı omega-3 eksikliği veya yüksek şekerli bir beslenmeyle gelişen gizli şeker (düşük glikoz toleransı) olabilir. Belirtiler, yaşamdaki travma veya stres nedeniyle beyin kimyasındaki değişimden ya da antibiyotik kullanımına bağlı olarak bağırsak florasındaki bozukluktan bile ortaya çıkabilir. Tüm bu faktörler -beslenme, çevre, yaşam tarz- farklı bir dengesizlik oluştursa da tamamı depresyona neden olur. Bir hastalıiğın adını bilmek bize onun gerçek nedeni hakkında hiç bir şey söylemezken doğru tedaviye de yönlendirmez. Bu, hastalık yanılgısıdır.